El tratamiento de la gingivitis se realiza mediante profilaxis profesional (limpieza bucal), y raspado y alisado radicular en el caso de la periodontitis. Eliminar las bacterias por encima de la encía y por debajo de la encía. En alguna ocasión, es necesaria la realización de cirugías periodontales para limpiar las bacterias, la placa y el sarro presentes en las raíces de los dientes.

El paciente al que se le detecta una gingivitis, puede prescribir el tratamiento preventivo de realizar una profilaxis anual o cada 6 meses para eliminar a fondo la placa y bacterias que pueden desarrollar periodontitis.